O Marsul, instituição da Secretaria do Estado da Cultura (Sedac), foi criado pelo Decreto Estadual 18 009/66, de 12 de agosto de 1966. Seu fundador foi o professor da rede estadual de ensino e pesquisar, Eurico Theófilo Miller, que realizava pesquisas arqueológicas, desde a década de 1950, na região Nordeste do estado. A partir de 1965, Miller foi pesquisador participante do Programa Nacional de Pesquisas Arqueológicas (Pronapa), cujo objetivo era mapear as populações pré-coloniais do País. Eurico Thófilo Miller fundou o museu em seu munícipio natal, Taquara, distante cerca de 70km da capital Porto Alegre.
Inicialmente, esteve sediado na própria residência de Eurico Miller e, a seguir, durante doze anos, em prédios particulares cedidos para suas atividades. A partir de 1973, teve início a construção da sede própria em uma área de 5,6 hectares doados pelo município de Taquara (RS), com três edificações construídas com recursos próprios do Governo do Estado, que somam, cerca de, 2 mil m² de área, oficialmente inauguradas em 1977, tornando-se um dos poucos museus no Brasil a ter sua sede especialmente construída para atividades museológicas e o maior do País em área construída da sua tipologia.
Graças a criação da instituição e da entrada de Eurico Miller no Pronapa, o acervo do museu foi crescendo exponencialmente, conforme decorria o andamento das pesquisas. Ao final do seu 5° ano de fundação, estima-se que o museu contava com um acervo de 1 milhão de itens arqueológicos (Marsul, 1984). Além disso, durante os programas Pronapa, Propa e Pronapaba foram pesquisados mais de 1100 sítios arqueológicos.
Seu vasto e diversificado acervo é composto majoritariamente por coleções oriundas de pesquisas em sítios pré-coloniais, com datações de até 12 mil anos atrás. São artefatos de grupos caçadores-coletores ancestrais dos minuanos e charruas, de pescadores-coletores do litoral construtores dos sambaquis, de horticultores do planalto ancestrais dos Kaingang e de grupos agricultores das planícies, ancestrais dos atuais guaranis, dentre outros vestígios arqueológicos de grupos pré-coloniais da América do Sul.
O Marsul também abriga e recebe vestígios materiais das ocupações do período colonial, oriundos de pesquisas como o Projeto Arqueológico de Santo Antônio da Patrulha (Pasap), que entre as décadas de 1990 e 2000, identificou sítios relacionados com o início das ocupações lusitanas na região, ocorridas durante o século XVIII.
A nomeação de um servidor de carreira para a direção da instituição, a contratação de equipe de segurança 24h, auxiliar de limpeza e estagiários técnicos marcam um período de recomeço para a instituição, permitindo a tão aguardada desinterdição do Ministério Público, em março de 2019. no ano de 2022, Já após o período da pandemia, um grande evento marca, enfim, o retorno definitivo do Marsul ao cenário científico e cultural brasileiro: o anúncio de 1,5 milhões de reais para sua reforma, além da abertura de concurso púbico para seu quadro funcional.
